Nun hatte ich selbst das Problem, beim SyntaxHighlighter Evolved Plugin wurde alles mit BR Tags angezeigt.
Und zwar Zeile für Zeile. :/
Die Lösung war schlicht und einfach, ein Javascript Plugin, was ich nicht einmal nutze, stand in Konflikt mit dem Syntax Highlighter.
Das Inline Javascript Plugin hat zu einer Komplikation geführt, kurzer Hand deaktiviert und schon klappt wieder alles.
Darauf hat mich dieser Thread gebracht.